La primera película, simplemente titulada Las tortugas ninja (1990), sigue de cerca la trama de las novelas gráficas originales de Eastman y Laird, con un poco del humor de la serie de TV; fue uno de los filmes independientes más exitosos que se haya hecho en los Estados Unidos. Aun cuando los fanes estuvieron complacidos, muchos sintieron que las personalidades de las tortugas eran muy similares entre sí (con la excepción de Rafael). La primera mitad de la película se centra en el personaje de Rafael y muestra poco a los otros. Los efectos que se utilizaron y el vestuario creado por Jim Henson Creature Shop, eran muy avanzados para su época. Las nuevas técnicas de empleo de marionetas fueron innovadoras y se aplicaron más adelante en otras películas y a la serie Dinosaurios.
La segunda película, titulada Tortugas Ninja II: El secreto del Ooze (El secreto de los mocos verdes en España) (1991), expande la historia del origen de las tortugas al mismo tiempo que anunciaba el debut cinematográfico del entonces famoso rapero Vanilla Ice. También introdujo nuevos personajes: los mutantes de Shredder, Tokka y Rahzar, así como un Super-Shredder mutado. El estilo de la película es menos oscuro, probablemente debido a la gran persuasión de los padres preocupados del nivel de violencia de las Tortugas Ninja y sus efectos sobre los niños. Por ejemplo, a excepción de Donatello, no se muestra a ninguna de las tortugas utilizando sus armas contra los enemigos. La historia original pretendía incluir a Bebop y a Rocksteady (Rocoso) por la insistencia del estudio cinematográfico, pero Laird y Eastman entablaron una gran batalla para omitirlos, y por lo tanto crearon a Tokka y Rahzar como compensación por la ausencia de Bebop y Rocksteady. La conclusión original de esta película también suponía que revelaría que el benévolo científico Jordon Perry (interpretado por David Warner) que ayudó a las tortugas sería un Utrom, pero este argumento fue descartado debido a los recortes del presupuesto, más el temor de que pudiese ser confundido con Krang. El equipo dedicó esta película a Jim Henson, quien murió en 1990.
La tercera película en la serie fue Las tortugas ninja III (1993), que ofreció el regreso del personaje Casey Jones, interpretado de nuevo por Elias Koteas. El argumento de esta película implica que las tortugas viajan hacia atrás en el tiempo al Japón antiguo y usan armaduras samurái. Parte de la trama involucra a las arenas sagradas del tiempo, que debutaron en Eastman y Laird Tortugas Ninja Adolescentes Mutantes Volumen 1, edición 8. El vestuario no fue realizado por Henson's Creature Shop en esta ocasión porque pensaron que la historia en esta película era muy violenta y rechazó trabajar en la misma. En su lugar una compañía llamada "All Creature Effects" hizo el trabajo de vestuario. En una revocación interesante, todas las tortugas utilizaron sus armas contra sus enemigos. A pesar de ello, esta tercera película se considera la peor de la trilogía.
La cuarta película en la serie debutó en el nuevo milenio. TMNT (2007) se estrenó el 20 de marzo en Estados Unidos, una semana después en México y en mayo en España. A diferencia de las películas anteriores, esta película es totalmente digital, animada por ordenador por la empresa Imagi. Este film continua a partir del final de la primera película de los años 1990 (por tanto, omite la segunda y tercera, como si no existiesen). Las tortugas sufren una relación muy deteriorada y corren el riesgo de enfrentarse entre ellas. Debido a ello, Leonardo emigra a México para encontrarse a sí mismo y convertirse en un mejor líder. Pasan dos años hasta que April va a visitarle y le propone una petición: que vuelva a los EE. UU. para poner orden en la familia, ya que las cosas no van muy bien entre las tortugas. Leonardo accede y regresa, pero tendrá que enfrentarse con no pocos problemas: Rafael está totalmente fuera de si y un misterioso magnate millonario pretende reunir unas estatuas de míticos guerreros para fines oscuros. Esta película obtuvo una buena aceptación, aunque se criticó mucho el hecho de que la historia se centrara demasiado en la relación entre Leonardo y Rafael (Donatello y Michelangelo apenas tienen relevancia). En la película también aparecen Casey Jones y Karai.
En 2009 se estrenó en televisión la película Turtles Forever, de 70 minutos de duración, que rinde homenaje al 25.º aniversario de las TMNT. La historia arranca con la banda de los Dragones Púrpura haciendo de las suyas en su base, hasta que las tortugas aparecen para desbaratar sus planes. Allí descubren que los Dragones Púrpura tiene retenidas a las tortugas ninja de la serie de los años 80. Las personalidades de ambas chocan continuamente (ya que las TMNT de los años 80 eran mucho más infantiles que las de la serie de 2003), pero deciden unirse para detener a Shredder, ya que ahora no solo hay uno, sino dos. Y es que el Shredder de los años 80 también se encuentra en esta dimensión, así como Krang, Bebop y Rocksteady (Rocoso). A lo largo de la película se hacen muchísimas referencias a todo material audiovisual de las TMNT: cómics, series, películas de imagen real y digital, merchandising, etc. Fue muy bien recibida por los aficionados y lamentaron que este film no se hubiese estrenado en cines. A día de hoy, esta película permanece inédita en España e Hispanoamérica. Tampoco se encuentra doblada al español.
En agosto de 2014 se estrenó una nueva película de las tortugas protagonizada por Megan Fox, dirigida por Jonathan Liebesman y producida por Michael Bay. Dando un enfoque más moderno de los personajes.
Secuela de la película del 2014 con Megan Fox de regreso como April O'Neil y con la inclusión de Stephen Amell como Casey Jones.
Fue estrenada el 3 de junio de 2016, con Dave Green como el nuevo director y con Michael Bay nuevamente como productor.
La película es la primera colaboración entre Warner Bros. y Nickelodeon, donde las Tortugas hacen equipo con Batman, Batgirl y Robin, en enfrentar a Shredder y Ra's al Ghul.
Producida por Seth Rogen se estrenará en agosto de 2023. John Cena, Jackie Chan, Ice Cube participarán haciendo voces.
